Nach dem ersten arabisch-israelischen Krieg wurde die Organisation 1949 auf Initiative von Papst Pius XII. ins Leben gerufen, um nach der Gründung des Staates Israel palästinensischen Flüchtlingen zu helfen. Heute hingegen sieh sie sich als Instrument, um "Bedürftige im Heiligen Land, also Palästinenser und Israelis, zu unterstützen, unabhängig von Alter und Glauben", wie das Lateinische Patriarchat von Jerusalem anlässlich der Jubiläumsfeier im "Notre Dame Center" mitteilte.
Laut einer Pressemitteilung war es die dramatische Situation der palästinensischen Bevölkerung nach der Ausrufung des Staates Israel, die einst in Papst Pius XII. den Wunsch wach werden ließ, ein ausdrücklich kirchliches Gremium zu schaffen, um diesen Menschen zu helfen. Seinerzeit waren Hunderttausende Palästinenser gezwungen, ihre Heimat zu verlassen. Aus diesem Grund wurde auch die Catholic Near East Welfare Association beauftragt, im Nahen Osten Kinder, Familien, Kranke, Alte und Exilanten zu unterstützen. Am 18. Juni 1949 veröffentlichte Kardinal Eugène Tisserant, Sekretär der Kongregation für die Ostkirchen, das Dokument, das Grundlage für die Gründung der "Päpstlichen Mission" war.
Der Apostolische Nuntius in Israel und Zypern, Apostolische Delegierter in Jerusalem und Palästina, Erzbischof Leopoldo Girelli, feierte die heilige Messe im Beisein Bischof Giacinto-Boulos Marcuzzo, Patriarchalvikar für Jerusalem und Palästina und von Pater Francesco Patton, dem Kustos des Heiligen Landes für die Franziskaner.