Юрий Манойленко в 2007 г. окончил Российский государственный педагогический университет им. А. И. Герцена по специальности «История». В 2010 г. в том же вузе защитил кандидатскую диссертацию по истории русской артиллерии первой трети XVIII в.
Работал в Российском государственном историческом архиве. В 2016 – 2020 годах являлся секретарем Научного совета архива. В настоящий момент – независимый исследователь.
Автор более 35 научных работ по истории России XVIII – начала XX вв., в т.ч. справочного издания «Краткий биографический словарь лиц иудейского исповедания – дворян Российской империи (1871 – 1917)» (СПб.: ПИИ, РГИА, 2017).
Лауреат конкурса им. Г. М. Дейча, проводимого Санкт-Петербургским Институтом истории РАН (2007) и Всероссийской историко-литературной премии «Александр Невский» (2016).