Андрей Конюченко в 1987 г. окончил исторический факультет Челябинского университета. В 1996 г. защитил кандидатскую диссертацию на тему «Духовное на образование в Оренбургской епархии во второй половине XIX – начале ХХ в.», в 2006 г. – докторскую на тему «Православное духовенство России во второй половине XIX – начале ХХ в.»
Профессор кафедры истории России и зарубежных стран историко-филологического факультета ЧелГУ.
Автор ряда монографий, учебных пособий и статей в академических журналах.
Сфера научных интересов: История религий; Религии и церкви на Урале; История Русской православной церкви; История Урала; Государственно –конфессиональные отношения в истории России.