Джон Клиер окончил университет Нотр-Дам, получив степень магистра по истории. Защитил докторат в университете Иллинойса о положении евреев в Российской империи после разделов Польши.
Преподавал в университете Форт Хейс (Канзас).
С 1989 г. – преподаватель, с 1996 г. – профессор Университетского колледжа в Лондоне. Возглавлял отделение еврейско-иудаистических исследований. Приглашенный профессор Европейского университета.
Редактор журнала «East European Jewish Affairs», член академического совета Международного центра российского и восточно-европейского еврейства в Москве, института польско-еврейских исследований.
Автор книг «Россия собирает своих евреев: происхождение еврейского вопроса в России» (1986) (русский перевод – 2000); «Еврейский вопрос в имперской России, 1855-1881» (1995); «Русские, евреи и погромы 1881-1882 г.» (2011), редактор нескольких фундаментальных сборников по истории евреев России. В 1997 г. Вместе с женой Хелен Мингей написал книгу: «В поисках Анастасии: разрешение загадки последних Романовых». Автор ряда академических статей.