Михаил Дмитриев род. в 1958 г. в Москве. В 1981 г. закончил исторический факультет МГУ (специализация по кафедре истории южных и западных славян), в 1984 г. аспирантуру, защитив кандидатскую диссертацию "Реформационные движения в восточно-славянских землях Речи Посполитой во второй половине XVI – первой половине XVII вв." В 2001 г. защитил докторскую диссертацию: "Киевская митрополия во второй половине XVI в. и генезис Брестской церковной унии 1595—1596 гг.".
С 1984 г. преподаёт на кафедре истории южных и западных славян исторического факультета МГУ, с 1991 г. директор Центра украинистики и белорусистики, преподавал в европейских и американских университетах.
Автор 4 книг и около 200 публикаций в академических изданиях на русском и иностранных языках.
Научные интересы: История православия, протестантизма, католицизма в Восточной Европе в XV—XVII вв.; сравнительная история европейских религиозных и религиозно-культурных традиций в Средние века и Новое время; история религиозной терпимости и нетерпимости, генезис и эволюция национального самосознания в православных и западно-христианских странах Европы; иудейско-христианские отношения в эпоху средневековья и Нового времени.
Живет в Москве.